premetto che non sono laureato ne studente di nessuna delle due facoltà, ma avendo amici, compagni che fanno o si sono informati a riguardo penso di essere in grando di dirti alcune cose utili...

primo che effettivamente il test di ingresso per fisioterapia è abbastanza cazzuto, pochi posti e una discreta richiesta... in scienze motorie la dove c'è il test è cmq più agevole entrare.

è però una facoltà con un buon ritorno professionale... un buon fisioterapista è una figura professionale abbastanza ricercata... cosa non altrettanto valida per scienze motorie.

fisioterapia è un corso di laurea con orientazione un po' più medica, dovrebbe dare una buona formazione in materia e una discreta scelta di campi professionali... scienze motorie, è ovviamente improntata allo sport, e la formazione è un po' più generica... in compenso è stata per alcune cose parificata a fisioterapia, e di contro ha il vantaggio di avere agevolazioni verso formazioni successive.

per meglio chiarire quest'ultimo punto ti faccio un'esempio pratico:
la FIR (federazione italia rugby) tiene corsi per preparatori fisici, specializzati appunto nel Rugby. ci sono alcuni prerequisiti formativi in materia, tra cui i laureati/studenti di scienze motorie sono inclusi...
un fisioterapista, magari è maggiormente preparato su alcuni aspetti, ma per intraprendere la carriera sportiva deve prima passare da ulteriori corsi di formazione appunto sportiva...

è chiaro da ciò ti puoi fare un'idea di cosa vuoi fare... in sunto a me è sembrato di capire che fisioterapia sia un corso di studi, più lungo e difficile, che dia però un'ottima preparazione e maggiori orizzonti professionali.
Scienze Motorie, è più breve ed agevole, ti inserisce più velocemente nell'ambiente sportivo, più difficilmente in altri, ma per una preparazione maggiore lascia a futuri alvori dello studente...

questo è il poco che so.. spero di essere stato d'aiuto