Non c'è alcuna controindicazione a continuare l'assunzione di proteine, se finora non ti hanno dato problemi.
Per quanto riguarda gli amminoacidi, dipende da ciò che intendi. Se intendi i BCAA, sono soltanto leucina, isoleucina e valina, dunque non possono sostituire le proteine, che sono complete e dunque hanno tutti e 20 gli amminoacidi. Se intendi i pool di amminoacidi, sono proteine predigerite e di solito se ne prendono il 25% (al posto di 40g di proteine, 10g di pool di amminoacidi), in quanto saltano la prima fase di digestione.
Ti suggerisco comunque di continuare con le proteine, a meno che tu non abbia delle motivazioni particolari a staccare.