cercherò di essere chiaro e sintetico (la qualità delle nozioni quindi sarà piuttosto ridotta):

le proteine sono catene (che poi possono assumere altre forme, come ad esempio fa l'emoglobina, ma cerco di semplificare..) di amminoacidi.

il corpo utilizza proteine per un mucchio di cose
in pratica in tutte le funzioni fisiologiche sono implicate in un modo o nell'altro delle proteine... diciamo che il corpo traduce in proteine ciò che è scritto nel nostro dna, quindi stiamo parlando di roba importante..materiale prezioso.

per produrre queste proteine (che costituiranno poi parti dei tessuti, anticorpi, ormoni etc..) il corpo ha quindi bisogno di amminoacidi.
alcuni riesce a fabbricarli da se (utilizzando altri AA, mediante delle modifiche) altri invece - gli ESSENZIALI - deve assumerli con l'alimentazione.

quindi diciamo che principalmente gli amminoacidi e le proteine servono per produrre altri amminoacidi e proteine (tra cui le fibrille presenti nei muscoli e diverse altre strutture che costituiranno il nostro TESSUTO MUSCOLARE)

è anche vero però che in caso di necessità il nostro corpo può utilizzare gli amminoacidi (frutto del catabolismo proteico o prelevati dal torrente ematico) per produrre energia "veloce", quasi fossero degli zuccheri.. e questo è il fine per cui spesso vengono assunti amminoacidi ramificati prima-dopo e\o durante l'allenamento e perchè sforzi intensi prolungati "catabolizzano" il tessuto muscolare.

spero di essere stato "quasi" chiaro