La caffeina provoca un aumento di acidi gastrici; un utilizzo prolungato nel tempo può quindi portare ad ulcera, esofagite e riflusso gastrointestinale. Un abuso può anche portare a nervosismo, irritabilità, ansia, insonnia e palpitazioni.
Chi consuma regolarmente caffeina sviluppa una tolleranza che si traduce in un affievolimento dell'effetto della caffeina e contemporaneamente in una accresciuta sensibilità verso l'adenosina. Il risultato di ciò è una diminuzione della pressione sanguigna e ad un aumento della quantità di sangue nella testa che porta ad emicrania. Altri sintomi sono nausea, ansia, irritabilità. In casi di abuso si possono avere sintomi quali depressione, incapacità di concentrarsi, demotivazione.