Usa il LaTeX per scrivere la tesi (specialmente se scientifica e ricca di formule) e puoi utilizzare la modalità di compilazione automatica su PDF.
http://it.wikipedia.org/wiki/LaTeX
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Usa il programma opensource PDF creator: lo installi e automaticamente quando stampi invece di selezionare la stampante selezioni stampa PDF. ti crea in automatico il pdf.
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