ALLORA mettiamola in questo modo:

In quali condizioni, una volta esaurito il glicogeno, il corpo va a prenderlo nei grassi piuttosto che nei muscoli???

No, perchè dipende dal tipo di allenamento che stai facendo.
Il lavoro in regime alattacido porta a una sensibile diminuzione della riserva di fosfati e di glicogeno (substrato energetico). Durante l'allenamento la cellula muscolare ha una richiesta di ATP molto elevata, in seguito ci sarà quindi una risposta supercompensativa per averne una quantità maggiore a disposizione. Lo stesso processo avviene per i livelli di glicogeno.
Ma non credere che sia possibile, specialmente con il metodo da te descritto avere una deplezione completa delle scorte stesse....ed infatti la diminuzione della massa grassa è dovuta all'alimentazione non all'allenamento in se che è una componente migliorativa al fine di ottenere determinati risultati.