Beh, è una domanda interessante!
A mio parere, vista la dinamica del movimento, direi che lo squat profondo, potrebbe peggiorare il problema, a causa della contrazione di tutti i muscoli del bacino e della zona perianale, con conseguente "strozzamento" della vena emorroidaria interessata.
Questo, sarebbe ancor più accentuato in caso di emorroidi interne.
Per toglierti comunque questo dubbio, ti conviene esporre il problema dettagliatamente al tuo medico!