penso che la domanda sia mal posta...
natural non è chissà quale mistico status esistenziale... è una definizione operativa atta a regolamentare una disciplina sportiva.
chi decide è quindi ovviamente l'organo incaricato a definire le norme di accettabilità con le quali ci si può presentare a competere.
in quanto definizione operativa se per gli estremi è generalmente facile stabilire (mangiarsi una mela non è doping, spararsi una pera di testosterone si) in una serie di vie di mezzo la scelta è soggettiva e quindi variabile a seconda del contesto e di chi prende le decisioni.
si aggiunga il fatto che lo studio degli effetti di determinate sostanze non è semplice, e quindi con il tempo scoperte nel campo possono far pendere il giudizio sulla sostanza stessa o la quantità massima assumibile da una parte o dall'altra...

un'esempio interessante in materia è quello sollevato in bigger stronger faster. il caso del ciclista spagnolo squalificato perchè dormiva in un'ambiente artificiale povero di ossigeno ottenendo gli stessi risultati che si possono ottenere allenandosi ad alte quote...