ciao, cercherò di rispondere a tutti i tuoi quesiti.

se stai imparando lo squat ed hai (per tua fortuna) una buona flessibilità
ti consiglio di farlo FULL, cioè fino in fondo
se sei flessibile riuscirai a scendere finchè la coscia non tocchi il polpaccio senza cadere in avanti nè sollevare i talloni per terra (puoi divaricare leggermente le punte dei piedi se preferisci)

partendo dal presupposto che tu faccia quindi lo squat COMPLETO, si, c'è un certo coinvolgimento dei lombari.. ed in effetti è proprio questa la potenza dello squat: coinvolge il corpo in toto, non allena solo le gambe.. è per questo che chi è forte di squat è forte davvero, invece chi è forte alla leg extension o alla pressa della marca taldetali non è detto sia un maciste
se però lo stress lombare è tale da distoglierti dalla fatica alle gambe è probabile che tu stia commettendo qualche errore
ad esempio la schiena non deve essere curva..
non deve essere neanche dritta
deve essere "concava" posteriormente, cioè iperestesa..
questo è l'unico modo per proteggere davvero la zona lombare (e ti dà anche + forza):
(partendo dall'alto verso il basso)
zona cervicale:
la testa deve guardare preferibilmente verso l'alto o quantomeno avanti
è importante per mantenere il giusto equilibrio e la durezza della schiena
(evito di scendere nei dettagli dei perchè e percome sia così, visto che gia mi sto dilungando)

zona toracica:
petto in fuori
scapole addotte (cioè spalle in dietro)
in questo modo proteggi le vertebre toraciche e posteriormente crei un "cuscinetto" fatto di muscoli trapezio e deltoide posteriore
questo risolve il tuo problema di indolenzimento

zona lombare
iperestesa, culetto in dietro
gli addominali sono contratti ma non spingono verso dentro bensì verso fuori
come se volessi dilatare lo stomaco: è la famosa respirazione diaframmatica
durante tutto il movimento è importante che tu stia in apnea, si inspira ed espira solo in posizione eretta perchè l'aria compressa dai muscoli der retto addominale consente di di mantenere una pressione interna sufficiente a stabilizzare il tronco.

gambe:
piedi ampiezza delle spalle (in linea di massima, c'è chi preferisce posizioni + ampie, in ogni caso ti sconsiglio posizioni troppo strette a causa dello stress che causano a livello delle ginocchia)
punte un pò divaricate
scendi
accosci
risali spingendo con le ginocchia verso l'esterno
se le ginocchia tendono ad andare all'interno aumenti lo stress su legamenti e menischi.

sò che può sembrare "un pò" complesso come movimento, in effetti lo è
ed è proprio per questo motivo che gli istruttori delle palestre non lo fanno eseguire spesso (ci vuole tempo per spiegarlo e la gente tende a fare cappellate sollevando alla maiala... incorrendo in infortuni)
cmq si tratta solo di acquisire lo schema motorio, tuttosommato è + semplice di imparare a guidare, se riesci a fare quello e contemporaneamente cantare le canzoni di vascorossi e insultare quello davanti a te perchè ti ha tagliato la strada
non vedo perchè tu non possa squattare nella tua pace e tranquillità al riparo del Rack.

lo squat con manubri è meccanicamente differente e + simile ad uno stacco da terra
non è niente male come esercizio ma sono differenti..quindi non paragonabili
puoi inserirlo come secondo esercizio anche se ti consiglio a questo punto di imparare gli stacchi da terra con il bilancere, + efficaci e + soddisfacenti (visto che si solleva nà cifra)